Одной из актуальных проблем современной теории управления организационными системами является разработка эффективных алгоритмических процедур управления территориально связанными организационными системами, в которых эффективность функционирования территориально распределенных объектов основной организационной системы зависит от степени влияния результатов их деятельности на объекты организационной системы, связанной с основной. В рамках данного исследования предложены проблемно-ориентированные процедуры анализа и управления территориально связанными системами отраслевого кластера на основе пространственно-временной информации, включающие: картографическую визуализацию результатов ГИС-ориентированного мониторингового оценивания функционирования объектов основной и связанной систем; экспертный анализ интенсивности результативного взаимодействия объектов на основе ГИС-ориентированной пространственно-временной информации с учетом вариантов перспективного планирования объемных показателей; выбор варианта, наилучшим образом обеспечивающего взаимодействие основной и связанной с ней системы внутри отраслевого кластера; распределение объемных показателей варианта между объектами внутри отраслевого кластера. Представлены результаты применения предложенной методики в практике управления результативным взаимодействием территориально связанных систем, входящих в кластер гражданской авиации, где в качестве основной системы выступает отраслевая система высшего и профессионального образования, а в качестве территориально связанной системы – система аэропортов Российской Федерации. Полученные результаты подтвердили эффективность предложенного подхода, что позволяет рекомендовать его к использованию в практике управления территориальными связанными организационными системами различных отраслевых кластеров.